المجهر التشريحي يستعمل لفحص الحيوانات والنباتات والبلورات التي لا نستطيع رؤيتها بوضوح بالعين المجردة, حيث لا توجد حاجة لعمل مقاطع في الكائن الحي, وبرغم ان قوة التكبير لا تتجاوز 50 مرة, الا ان هذا المجهر يعطي صورة واضحة ثلاثية الأبعاد, بسبب وجود عدستين عينيتين, اي انه توجد عدسة عينية واحدة لكل عين, اضافة لوجود العدسة الشيئية, اما عدسات المجاهر فهي عموماً عدسات محدبة تقوم بتكبير الأشياء.